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利用高光譜顯微成像系統(tǒng)結(jié)合多數(shù)據(jù)的Faster RCNN實(shí)現(xiàn)白細(xì)胞的快速檢測(cè)
瀏覽次數(shù):1202發(fā)布日期:2023-09-23

背景

白細(xì)胞(White blood cells, WBCs)是血液的重要組成部分,具有抵抗病毒和細(xì)菌感染的功能在一定的血容量中,白細(xì)胞的數(shù)量和比例為醫(yī)生診斷相應(yīng)疾病提供了有價(jià)值的信息。無(wú)論是白細(xì)胞計(jì)數(shù)還是形態(tài)檢測(cè),需要解決的關(guān)鍵問(wèn)題是實(shí)現(xiàn)白細(xì)胞的分類(lèi)和識(shí)別。然而,傳統(tǒng)的顯微鏡方法嚴(yán)重依賴(lài)于操作人員的經(jīng)驗(yàn),檢測(cè)方法過(guò)于復(fù)雜。

近年來(lái),相應(yīng)的計(jì)算機(jī)視覺(jué)算法和系統(tǒng)已廣泛應(yīng)用于血細(xì)胞自動(dòng)檢測(cè)領(lǐng)域。然而,大多數(shù)識(shí)別算法只是將特征提取和分類(lèi)模塊按順序疊加在一起。當(dāng)樣本空間較小或類(lèi)間差距不明顯時(shí),這些算法的泛化能力和穩(wěn)定性就無(wú)法得到保證。深度學(xué)習(xí)具有準(zhǔn)確、高效、穩(wěn)定的特點(diǎn),這在醫(yī)學(xué)領(lǐng)域和大量圖像的分析和處理中具備巨大應(yīng)用價(jià)值。但是常用的僅基于具有細(xì)胞空間特征的灰度或RGB圖像,容易受到多種環(huán)境因素的影響,如顯微鏡的光學(xué)條件、載玻片的厚度等。

高光譜成像(Hyperspectral imaging, HIS技術(shù)是圖像和光譜技術(shù)的結(jié)合。獲得的高光譜數(shù)據(jù)包含被檢測(cè)目標(biāo)的空間和光譜特征。雖然HSI在空間特征的基礎(chǔ)上提供了豐富的光譜信息,但數(shù)百個(gè)窄波段使得每張高光譜圖像占用過(guò)多的內(nèi)存,巨大的計(jì)算資源占用使得快速檢測(cè)難以實(shí)現(xiàn)。降低計(jì)算成本的有效方法是從整個(gè)高光譜圖像中選取目標(biāo)區(qū)域作為感興趣區(qū)域Region of interest, ROI,只計(jì)算ROI的光譜信息。然而,ROI的獲取必須是手工的,不能滿(mǎn)足快速和自動(dòng)的要求。

具體研究?jī)?nèi)容如下:(1利用高光譜顯微成像Hyperspectral microscopic imaging, HMI系統(tǒng)獲取血液涂片中含有白細(xì)胞區(qū)域的影像,并對(duì)每種類(lèi)型的白細(xì)胞進(jìn)行標(biāo)記,形成五種分類(lèi)的數(shù)據(jù)集。2)根據(jù)VGG16網(wǎng)絡(luò)架構(gòu)構(gòu)建一維CNN網(wǎng)絡(luò),并基于WBC的光譜數(shù)據(jù)進(jìn)行相應(yīng)的訓(xùn)練和預(yù)測(cè),驗(yàn)證光譜數(shù)據(jù)作為WBC分類(lèi)依據(jù)的可行性。(3)與一維CNN相似,采用Faster RCNN作為對(duì)照組,基于偽彩色圖像對(duì)WBC進(jìn)行識(shí)別分類(lèi),觀察基于單一數(shù)據(jù)的分類(lèi)準(zhǔn)確率。4)最后,構(gòu)建了基于圖像和光譜特征的多數(shù)據(jù)Faster RCNN深度學(xué)習(xí)模型,并探討多數(shù)據(jù)聯(lián)合在白細(xì)胞檢測(cè)中的可行性和優(yōu)勢(shì)。

 

試驗(yàn)設(shè)計(jì)

大連工業(yè)大學(xué)王慧慧教授團(tuán)隊(duì)使用如圖1b所示的HMI系統(tǒng)采集血液圖片的高光譜數(shù)據(jù)。它由一個(gè)image-λ -N17E近紅外高光譜成像系統(tǒng)(江蘇雙利合譜公司)和一個(gè)三生物顯微鏡Nikon Eclipse 80i和鹵光源組成。高光譜數(shù)據(jù)的波長(zhǎng)范圍為382.3 ~ 1020.2 nm,光譜分辨率為1.8 nm。

為了驗(yàn)證高光譜成像數(shù)據(jù)用于WBC分類(lèi)的可行性,本研究構(gòu)建三種網(wǎng)絡(luò)模型并探索其性能基于WBC光譜數(shù)據(jù)的一維CNN、基于WBC圖像特征的Faster RCNN和基于融合光譜和圖像特征的多數(shù)據(jù)Faster RCNN。一維CNN參考VGG16,具體結(jié)構(gòu)如圖2所示。圖3Faster RCNN的詳細(xì)結(jié)構(gòu)。其特征提取網(wǎng)絡(luò)為Resnet18,RPN網(wǎng)絡(luò)可以大大提高檢測(cè)WBC等小目標(biāo)的能力。最后,DenseSoftmax層將建議的框坐標(biāo)和特定WBC類(lèi)別作為Faster RCNN的輸出。對(duì)原有的Faster RCNN網(wǎng)絡(luò)進(jìn)行修改,即在Faster RCNN的結(jié)構(gòu)中加入光譜數(shù)據(jù)提取模塊、光譜特征提取網(wǎng)絡(luò)(一維CNN和特征融合Concatenate層,構(gòu)建多數(shù)據(jù)Faster RCNN檢測(cè)模型4。

1 主要研究流程圖

 

2 基于光譜數(shù)據(jù)的一維CNN結(jié)構(gòu)

3 Faster RCNN的結(jié)構(gòu)

4 多數(shù)據(jù)Faster RCNN

 

結(jié)論

如圖5所示,在450 ~ 570 nm波長(zhǎng)范圍內(nèi)存在一個(gè)明顯的吸收谷,在640 ~ 680 nm波長(zhǎng)范圍內(nèi)存在一個(gè)較小的吸收谷。5種白細(xì)胞中NeuEos、LymMon含有酸性磷酸酶和過(guò)氧化物酶,Bas含有大量的肝素和組胺酶。同時(shí),Neu還含有堿性磷酸酶,Eos含有芳基硫酸酯酶,Lym含有游離核糖體,Mon含有非特異性酯酶。所有這些成分都是蛋白質(zhì)。因此,我們認(rèn)為光譜反射率的差異是由于每個(gè)白細(xì)胞中所含的差異造成的,這兩個(gè)吸收可能是白細(xì)胞檢測(cè)模型的重點(diǎn)關(guān)注區(qū)域。

 

5所有WBCa和五種WBCb的平均光譜反射率曲線(xiàn)

一維CNN對(duì)WBC分類(lèi)結(jié)果如圖6所示。從圖中可以清楚地看到,模型在第20迭代時(shí)基本收斂,校準(zhǔn)集和驗(yàn)證集的損失分別0.190.26,說(shuō)明一維CNN對(duì)WBC光譜數(shù)據(jù)具有較強(qiáng)的適應(yīng)性,適合分類(lèi)。從混淆矩陣可以看出,每次分類(lèi)的準(zhǔn)確率都達(dá)到90%以上,沒(méi)有出現(xiàn)過(guò)擬合現(xiàn)象,說(shuō)明該模型具有很好的泛化能力模型的精度隨著召回率的增加而降低。另外,大多數(shù)白細(xì)胞的PR曲線(xiàn)在下降之前是穩(wěn)定的,而LymMonPR曲線(xiàn)波動(dòng)幅度較小,推測(cè)這兩種白細(xì)胞中的酶相似,因此它們的光譜反射率非常接近,使得模型難以有效區(qū)分。 

 

6 一維CNN的分類(lèi)結(jié)果

WBC二維偽彩色圖像應(yīng)用于Faster RCNN建模。從圖7的光譜波段權(quán)重可視化可以看出,模型主要關(guān)注400 ~ 570 nm640 ~ 700 nm范圍內(nèi)的波段這兩個(gè)范圍內(nèi)的波段被模型賦予了更多權(quán)重,從而包含了更多用于WBC識(shí)別的特征信息。在上述波段范圍內(nèi),在420.8 nm、536.5 nm672.8 nm處存在較強(qiáng)的光譜響應(yīng)峰和波谷,表明其對(duì)應(yīng)的圖像將包含較強(qiáng)的響應(yīng)信息,選擇這些波峰和波谷進(jìn)行偽彩色圖像合成。然后,將這三個(gè)波段對(duì)應(yīng)的單通道光譜圖像分別映射到R、GB三個(gè)顏色通道進(jìn)行合成。

8顯示了基于Faster RCNN5WBC類(lèi)別在兩種不同圖像下的檢測(cè)結(jié)果。9展示Faster RCNN模型的具體分類(lèi)結(jié)果。從模型訓(xùn)練的角度來(lái)看,總損失在20次迭代之前迅速下降,80次迭代之后趨于平緩,基本收斂,這證明了Faster RCNN在本WBC圖像數(shù)據(jù)集中是可行的。與一維CNN相比,Faster RCNN不僅在訓(xùn)練過(guò)程中收斂速度更慢,而且在NeuEos中的分類(lèi)準(zhǔn)確率也要低得多。然而,由于Lym的形態(tài)特征NeuEos有很大的不同,因此不會(huì)與這兩者混淆。

10預(yù)測(cè)集得到的CAM。重點(diǎn)著色的區(qū)域基本集中在白細(xì)胞的細(xì)胞核上,這證明該模型主要根據(jù)細(xì)胞核的特征來(lái)區(qū)分不同的白細(xì)胞。而LymMon的細(xì)胞核占據(jù)了大部分的細(xì)胞空間,使得細(xì)胞核的形態(tài)特征難以識(shí)別,導(dǎo)致模型將背景中一些顏色更深、體積更大的紅細(xì)胞誤識(shí)別為LymMon。然而,紅細(xì)胞與白細(xì)胞在組成上有很大的不同,這使得它們?cè)诠庾V反射率上更容易被識(shí)別。為此,建立基于光譜反射率和圖像特征的多數(shù)據(jù)Faster RCNN聯(lián)合檢測(cè)模型,利用光譜和圖像的融合特征,提高模型對(duì)WBC的分類(lèi)精度。  

7 基于預(yù)測(cè)集WBC光譜波長(zhǎng)的梯度加權(quán)類(lèi)激活映射

 

8 基于偽彩色圖像的Faster RCNN對(duì)白細(xì)胞的檢測(cè)結(jié)果 

9 Faster RCNN的分類(lèi)結(jié)果

 

10 基于Faster RCNN預(yù)測(cè)集梯度加權(quán)類(lèi)激活映射

11詳細(xì)展示了多數(shù)據(jù)Faster RCNN的分類(lèi)結(jié)果。當(dāng)?shù)螖?shù)達(dá)到40次時(shí),校準(zhǔn)集和驗(yàn)證集的總損失值分別下降0.0080.03,然后趨于穩(wěn)定,證明模型訓(xùn)練效果良好。與前兩種模型相比,LymMon的分類(lèi)精度有所提高。此外,各類(lèi)別之間的混淆較少,表明該模型的預(yù)測(cè)能力得到了提高。從圖11c和表1可以看出,LymMonAP值改善最為明顯,分別達(dá)到0.9170.911融合特征的分類(lèi)不僅減少了白細(xì)胞之間的誤判,而且有效地減少了背景與白細(xì)胞目標(biāo)之間的誤判。證明了多數(shù)據(jù)聯(lián)合檢測(cè)相對(duì)于單一數(shù)據(jù)檢測(cè)的可行性和優(yōu)勢(shì)。

多數(shù)據(jù)Faster RCNN在預(yù)測(cè)集中得到的CAM圖如圖12所示。與單一數(shù)據(jù)一維CNN聚焦的400 ~ 570 nm640 ~ 700 nm波段范圍相比,多數(shù)據(jù)Faster RCNN模型在融合特征的指導(dǎo)下,聚焦的波段范圍分別為380 ~ 570 nm640 ~ 950 nm。同時(shí),與單一數(shù)據(jù)Faster RCNN相比,背景的注意區(qū)域明顯變窄,暗紅色區(qū)域更集中在核區(qū)。這表明該模型更關(guān)注細(xì)胞的各種特征,而不是背景,有利于在復(fù)雜情況下準(zhǔn)確檢測(cè)白細(xì)胞,提高模型的泛化能力。

與現(xiàn)有的白細(xì)胞檢測(cè)方法相比,多數(shù)據(jù)Faster RCNN可以實(shí)現(xiàn)大量白細(xì)胞樣本的自動(dòng)快速檢測(cè),并且HMI的引入可以獲得高質(zhì)量的細(xì)胞高光譜圖像,大大提高了檢測(cè)的準(zhǔn)確性。該研究為其他生物試驗(yàn)的高效準(zhǔn)確開(kāi)展提供了技術(shù)參考。

 

11 多數(shù)據(jù)Faster RCNN的分類(lèi)結(jié)果

1 多數(shù)據(jù)Faster RCNN在不同WBC分類(lèi)中的性能比較

12 多數(shù)據(jù)Fasteer RCNN在預(yù)測(cè)集中的梯度加權(quán)類(lèi)激活映射

 

作者信息

王慧慧,博士,大連工業(yè)大學(xué)機(jī)械工程與自動(dòng)化學(xué)院教授,博士生導(dǎo)師。

主要研究方向:基于機(jī)器視覺(jué)的智能檢測(cè)研究、裝備數(shù)字化設(shè)計(jì)。

參考文獻(xiàn):

Zeng, F., Du, Z., Li, G., Li, C., Li, Y., He, X., An, Y., & Wang, H. (2023). Rapid detection of white blood cells using hyperspectral microscopic imaging system combined with Multi-data Faster RCNN. Sensors and Actuators B: Chemical, 389.

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